Rok 1989 bol veľkým spoločensko-politickým medzníkom a do dôsledkov to platilo aj banskobystrickú opernú scénu. Práve v tomto období vrcholila umelecká i návštevnícka kríza, ktorú umocnila hrozba zrušenia divadla.

Nevyhnutná ekonomická reforma po Novembri 1989 mala bolestný dopad na občanov Slovenska vo všetkých životných oblastiach, kultúru nevynímajúc. Banskobystrická opera sa trápila nielen s diváckym nezáujmom, ale aj s nedostatočným personálnym pokrytím, od sólistického ansámblu cez kolektívne telesá až po technický personál.

Ako to však pri životaschopných organizmoch býva, pád takmer na dno nielen prežila, ale sa od neho s obdivuhodnou silou odrazila k svojmu – podľa operných znalcov v doterajšej histórii divadla zatiaľ neprekonanému – vrcholu v polovici 90. rokov. V tomto období sústredil riaditeľ Jaroslav Smitka v banskobystrickej opere viacerých ambicióznych tvorcov a dal im dôveru na presadzovanie ich zámerov. Umeleckým šéfom súboru sa stal najvýznamnejší slovenský režisér druhej polovice 20. storočia Branislav Kriška.

Popri rešpektovanom umelcovi a pedagógovi sa výrazne uplatnili aj jeho nadaní absolventi z VŠMU Marián Chudovský a najmä Martin Bendik, tvoriaci v tíme s talentovaným generačným druhom, výtvarníkom Alešom Votavom. Mladý tím dopĺňali dirigent Pavol Tužinský a choreografka Zuzana Hájková, ktorá do banskobystrického divadla nastúpila s cieľom postaviť baletný súbor na úroveň samostatného telesa.

V septembri 1992 sa Banskobystričania s úspechom predstavili na Bratislavských hudobných slávnostiach, následne podnikli zájazdy do talianskeho Bergama, cyperskej Nikosie a švajčiarskeho Vevey. V polovici 90. rokov bol banskobystrický ansámbel na vrchole aj vďaka talentovaným interpretom v zenite umeleckých síl (Mária Tomanová, Margaréta Vajdová, Gurgen Ovsepian, Sergej Tolstov, Zoltán Vongrey a ď.).

Nárast kvality hudobných i divadelných naštudovaní si všímala tiež slovenská kritika, ktorá Banskú Bystricu prezentovala ako súbor s koncepčným dramaturgickým programom a pozoruhodnými interpretačnými výsledkami. Zaslúžene: inscenácie Favoritka, Aroldo, Luisa Miller (a ďalšie) sa v režijnej aj hudobno-speváckej zložke stali „topkami“ prebiehajúcich operných sezón. To všetko sa odrazilo nielen vo zvýšenom záujme divákov, ale tiež v náraste reputácie divadla u predstaviteľov mesta a sponzorov, pre ktorých sa návšteva opery stala dôležitou spoločenskou udalosťou. Bystričania sa jednoducho naučili byť na svoju operu hrdí.

Začiatok súčasnej etapy banskobystrickej opery by sme mohli datovať rokom 1999. Vtedy sa divadlo opäť osamostatnilo z krátkodobého neorganického zväzku s činoherným DJGT Zvolen (1996 – 1999) a po náročnej transformácii slovenskej divadelnej siete ostalo (spolu so Slovenským národným divadlom, Divadlom Nová scéna Bratislava a Štátnym divadlom Košice) jedným z mála divadelných domov v priamej pôsobnosti Ministerstva kultúry SR. Riaditeľom inštitúcie je od roku 1996 Rudolf Hromada, na poste umeleckého šéfa sa odvtedy vystriedali Pavol Smolík (1996 – 1998), Marián Vach (1999 – 2001, 2005 – 2011; v súčasnosti pôsobí ako šéfdirigent) a Šimon Svitok (od 2011 dodnes).